Le programme de projets structurants du réseau ThéCell existe depuis 2009. Présentement le réseau finance 6 projets structurants  pour une période maximale de 1 an (du 1er avril au 31 mars).

Pour qu'un projet structurant soit admissible l'équipe doit être composé d'au moins trois membres chercheurs du réseau provenant de deux universités différentes.

Liste des projets selon les périodes de financement:

Le programme des projets structurants ThéCell, édition spéciale : Initiative inter-réseaux a été lancé en 2018: